Résumé épisode par épisode de la saison 2
Episode 1 : Dans l'oeil du cyclone
Clark dirige son vaisseau au cœur de la tornade qui s'abat à Smallville. Violemment secoué et frappé par la foudre, l'engin tombe en panne et perd de l'altitude. Egalement victime du cyclone, prisonnière de sa voiture, Lana est en danger. Alors qu'elle s'est réfugiée à l'arrière du véhicule, Clark surgit et, sans qu'elle s'en aperçoive, se met au dessus du véhicule pour la protéger. Dans son manoir, Lex regarde son père, coincé sous une colonne, celui-ci le supplie de venir l'aider. Finalement, après une longue hésitation, il se décida à le sauver. Le père de Clark et le journaliste Nixon sont eux coincés dans la crypte d'un église. Aprés son opération Lionel annonce à son fils qu'il est devenu aveugle.
Episode 2 : Regard de braise
Clark a découvert un nouveau pouvoir qu'il n'arrive pas à maitriser : sa vision thermique. Après avoir manquer de blessé Lana en provoquant un incendie, Clark part se cacher pour maitriser ce pouvoir. Or la nouvelle professeur de biologie semble avoir la faculté de contrôler les hommes avec ses phéromones hors du commun. Elle parvient raidement à épouser Lex puis elle essaie de séduire Clark qui lui résiste. Elle contrôle alors le père de Clark pour tuer Lex et hériter de sa fortune.
Episode 3 : Duplicité
Lex Luthor a une altercation avec Pr Steven Hamilton, l'un de ses scientifiques qui avait attiré son attention grâce à ses recherches sur les météorites . Hamilton souffre de convulsions à cause de l'exposition à la Kryptonite et provoque un accident. Pete qui passer par la sauve un chauffeur et tombe sur le vaisseau spatial de Clark dans un champ de maïs. Il en informe Clark pour qu'il l'aide à le cacher. Malgré les réticences de ses parents, Clark décide d'avouer son secret à son ami. De son coté le Docteur Hamilton apprend pour le vaisseau et le vole et enlève Pete.
Episode 4 : Rouge
Clark se métamorphose en contact d'une bague dotés de fragments de météorites rouges introduits au lycée. Au grand étonnements de son entourage, il devient un adolescent rebelle. Il oublie ses inhibitions et n'hésite pas à déclarer sa flamme à Lana. Mais le nouveau Clark peut aussi se révéler dangereux s'il utilise ses pouvoirs à mauvais escient et tente de tuer Lex.
Episode 5 : De l'ombre à la lumière
Clark s'inquiète quand il apprend qu'un mystérieux poète, Byron, déposes des mots doux destinés à Lana sur la tombe de ses parents. Mais Lana, intriguée par le comportement du jeune homme, veut faire sa connaissance. Elle et Clark sympathisent bientôt avec l'inconnu. Ils le raccompagnent chez lui et sont accueillis par son père, fusil en mains, qui leur demandent de déguerpir. Chloé fait des recherches sur Byron et apprend qu'une filiale de Luthorcorp à fait de expériences sur lui. De son côté Martha a mère de Clark devient l'assistante pesonnelle de Lionel Luthor. Le lendemain, Clark et Pete retournent libérer Byron : ses parents le retenaient prisonnier et attaché. Mais quand il l'expose à la lumière il se transforme sa force se décuple et devient agressif, Clark doit alors tout faire pour l'arrêter et l'amener dans l'obscurité.
Episode 6 : Nos plus belles années
Swimmer Troy se noie à la natation, et émerge de l'eau en ressemblant à un vieillard, pendant que Clark enquête sur cette affaire, les difficultés financières s'accumulent à la ferme. Martha veut appeler son père pour les aider financièrement ce qui déplait à Jonathan. Lana trouve des photos d'un homme qui fréquentait sa mère peut de temps avant sa naissance et tente d'en apprendre plus. Clark rencontre pour la première fois son grand-père et veut tenter de le réconcilier avec son père. Pendant ce temps un autre élève meure de vieillissement accéléré dans le bar de Lana. Clark pense que les vieillissements tourne autour d'une nouvelle élève au passé obscur.
Episode 7 : A.D.N
Une femme nommée Rachel Dunleavy apparaît et elle est persuadée d'être la mère biologique de Clark. Elle pense qu'il est son fils Lucas qui n'est autre que le fils de Lionel Luthor et le demi-frère de Lex qu'elle été obligé de confier a Lionel. De son côté Clark apprend que la fondation qui a permis son adoption a été fondé par Lionel Luthor et qu'elle n'a fait adopté qu'un seul enfant.
Lana retrouve son père biologique, Henry Small, et se confronte à lui, seulement pour découvrir qu'il n'est pas intéressé par elle. Rachel demande un analyse ADN de Clark pour prouver qu'elle est sa mère, Clark parvient à remplacer l'échantillon par l'ADN de Pete pour ne pas que l'on découvre sa vrai nature.
Jonathan révèle à Clark qu'il a aidé Lionel à sauver son fils juste après l'avoir trouvé. Dunleavy kidnappe Lex et menace de le tuer si Lionel ne révèle pas la vérité sur l'adoption de Clark. Clark arrive pour sauver Lex et Rachel découvre sa vrai nature et comprend qu'il n'est pas son fils Lucas. Le père de Lana lui rend visite au bar et s'excuse pour son attitude.
Jonathan avoue à son fils il a fait un pacte avec Lionel, pour légaliser son adoption, en échange de quoi il devait convaincre un de ses amis proches les Ross de vendre leur usine aux Luthor. Ce "pacte" aura en fait permis aux Luthor de s'installer à Smallville. Lionel Luthor avoue à son fils qu'il a eu un fils avec Rachel et qui a insisté pour qu'elle l'abandonne. Il l'a ensuite placé dans un famille mais l'enfant est mort quand il avait 1 an.
Episode 8 : Ryan
Ryan un garçon télépathe qui a été hébergé chez Clark plus tôt lui téléphone pour demander de l'aide : sa tante l'a abandonné après qu'elle à découvert son pouvoir et à cause de problèmes d'argent pour le soigner. Clark sauve Ryan du centre de recherches Summerholt, où le jeune garçon était un sujet d'expérimentation, et le ramène à Smallville.
Lana apprend que sa tante veut déménager pour Metropolis mais elle cherche le moyen de rester à Smallville. Lex parvient à obtenir des papiers d'adoption de Ryan par les Kent et attaque Summerholt en justice. Ryan annonce à Clark qu'il a une tumeur dans son cerveau, et qu'il n'a que quelques jours à vivre. Clark tente alors de trouver un docteur qui pourrai peut-être le sauver.
Lana annonce à Clark qu'elle reste à Smallville et qu'elle va vivre chez Chloé. Lex de son côté essaie de lutter contre le maire corrompu de la ville en soutenant sa démission. Ryan sort de l'opération mais il n'a gagné que quelques jours à vivre.
Episode 9 : Dichotomie
Ian, un premier de classe, a la capacité de se dupliquer. Il utilise son pouvoir pour prendre des cours supplémentaires, et sortir avec Lana et Chloe dans le même temps. Clark et Pete découvrent ce secret et le révèlent aux filles mais Clark arrive à temps pour les sauver. Ian essaye alors de tuer Lana et Chloé. Pendant ce temps, Lex assiste à une séance de gestion de la colère, où il rencontre le Dr Helen Bryce. Il a très visiblement un faible pour elle, mais Helen est rebutée par le fait qu'il soit un Luthor.
Episode 10 : Le mythe des origines
Clark tombe dans une mystérieuse grotte située sous un site d'une nouvelle construction de LuthorCorp, et découvre sur les parois des symboles dans une langue inconnue, visiblement dessinés par des autochtones locaux, il y trouve aussi un emplacement qui correspond à la clé de son vaisseau spatial. Un Amérindiens, Joseph Willowbrook, et sa petite-fille Kyla, lui racontent alors une histoire qui reflète la vie de Clark et que leur tribu aurai été fondé par un étranger venu du ciel. Clark s'aperçoit bien vite que Kyla est amoureuse de lui mais elle semble cacher quelque chose.
Les indiens avec l'aide de Clark et de Lana tente d’empêcher la destruction des grottes par LuthorCorp. Lex apporte son soutien quand il comprend qu'elles sont liées à la clé octogonale. Pendant ce temps, un mystérieux loup blanc tue plutôt involontairement le gardien du terrain et agresse la mère de Clark de LuthorCorp. De son côté Chloé apprend que la tribu de Kyla est surnommée les "Hommes-loups".
Après que l'affaire est résolu Lana apprend à Clark que Whitney est porté disparu.
Episode 11 : Le retour du héros
Whitney Fordman, porté disparu pendant 1 mois, est de retour à la surprise générale. Affirmant avoir perdu une partie de sa mémoire dans une embuscade où il a failli perdre la vie, il tente de renouer avec Lana, ignorant la cassette vidéo qu'elle a envoyé où elle expliquait qu'il fallait mieux que Whitney et elle se séparent. Mais le comportement de Whitney est très étrange, surtout avec Clark, auquel il conseille fortement de ne plus approcher Lana.
Clark découvre alors que Whitney n'est autre que Tina qui peut changer d'apparence à volonté qui s'est échappée et qui veut tout faire pour que Lana l'aime. Grâce à la Kryptonite elle réussi à le maitriser et l'enfermer dans la cave, mais le vaisseau de Clark réagit et neutralise la Kryptonite.
Episode 12 : Affaire de famille
Après que Lex s'est fait doubler sur une affaire par son père, il découvre que sa maison est pleine de dispositifs d'écoute perfectionnés. Lex entreprend alors de placer lui aussi de la microtechnologie d'espionnage au siège de LuthorCorp, mais demande à ce que l'opération soit stoppée quand il découvre que Martha et Lionel Luthor sont encore dans les bureaux un dimanche. Mais les "travailleurs" ne l'entendent pas de cette oreille et veulent voler le contenu du coffre de LuthorCorp.
Prise en otage avec son patron, Martha apprend alors que Lionel a des fichiers sur Clark et stocke des barres de Kriptonite dans son coffre ainsi que la clé du vaisseau spatial. La police engage des pourparlers avec les malfaiteurs après que Lionel les a contactés discrètement. Pourtant, rien n'avance et Clark décide d'agir.
Episode 13 : Suspects
Lionel est mystérieusement abattu à l'hôtel des Luthor, laissant derrière lui une longue liste de suspects avec des motifs différents pour vouloir sa mort. Jonathan, qui est retrouvé inconscient dans son camion avec une bouteille de tequila et un fusil à la main, est arrêté comme le principal suspect. Lionel est transporté d'urgence à l’hôpital dans un état critique. Clark essaie d'enquêter pour innocenter son père. Lana essaie de convaincre son père d'être l'avocat de Jonathan pour son procès mais il refuse.
Clark trouve des éléments qui montre que son père est victime d'un coup monté et commence à suspecté Lex. Pete et lui manquent de se faire tuer en cherchant des preuves, Lex avoue alors à Clark que le meurtrier serai un assistant de son père. Clark se rend au bar où son père aurai été drogué et tombe sur une preuve sur la véritable identité de l'assassin.
Clark le piège en remplaçant Lionel par un mannequin et en attendant l'agresseur qui n'est autre qu'Ethan le policier shérif et ami de Jonathan.
Episode 14 : Adrénaline
Une rave party est organisée dans les grottes Kawatche sans que Clark soit au courant, Pete et Chloé s'y rendent et Pete se fait infecté par des insectes extraterrestres qui s'enfoncent dans le cou des personnes. Les créatures les incitent à s'engager dans un comportement extrêmement risqué, voir mortel.
Pendant ce temps, Clark demande à Lana un rendez-vous, ce qui exaspère Chloé, profondément jalouse. Clark et Chloé examine les grottes mais Chloé se fait infecté. Lex embauche le Dr Frederick Walden, un expert en glyphes antiques, pour essayer de traduire le langage trouvé sur les murs des grottes Kawatche, leur équipe trouve les insectes parasites et les envoie à Metropolis pour les examiner.
Pete utilise une météorite rouge pour que Clark se joigne à eux au lieu d'essayer des les rattraper pour les emmener à l'hôpital. Chloé tente de séduire Clark et l'effet de la météorite rouge est supprimé lorsque celui-ci enlève sa chemise où la pierre était glissée. Clark, retrouvant son état normal, parvient ainsi à emmener ses amis se faire soigner, mais il ruine sa soirée avec Lana qui ne lui pardonne pas car elle l'a observer en train de s'embrasser avec Chloé alors qu'il était sous l'emprise de la kriptonite rouge.
Episode 15 : Le fils prodigue
Lex découvre que son demi-frère, Lucas, est encore en vie. Lionel a retrouvé Lucas avant lui, et l'utilise pour dérober l'héritage de Lex qui ne peut plus racheter LuthorCorp sans le soutien de son frère. Lex est donc obligé de demander l'hospitalité aux Kent. De son côté Clark essaie de regagné la confiance de Lana en postulant pour devenir serveur dans son bar. Lionel fait tout pour récupérer les parts de son entreprise que détient Lucas mais celui-ci refuse et découvre que son père n'est pas si aveugle qu'il voudrai le faire croire. Finalement Lex parvient à pièger son père et place Lucas sous sa protection, il récupère aussi le contrôle de LexCorp.
Episode 16 : Agent toxique
Martha, qui a caché la clé de l'engin spatial, devient très malade suite à l'inhalation de spores irradiées par les météorites vertes. La ferme des Kent est mise en quarantaine, et la clé est découverte. Clark a lui aussi inhalé la poussière et tombe malade. Alors que Clark est inconscient, Chloé lui lit une note décrivant ses vrais sentiments pour lui, mais celui-ci murmure le nom de Lana dans son sommeil. Après avoir testé son sang, le Dr Helen Bryce se rend compte que Clark est différent. On apprend que Martha est enceinte après que le vaisseau spatial l'a sauvé de son empoisonnement. Jonathan décide d'utiliser le vaisseau pour guérir Martha et Clark.
Episode 17 : Dernier espoir
Clark fait un rêve récurent où il vole aux grottes et utilise la clé. Après plusieurs hésitations et le désaccord de ses parents, il décide de mettre la clé dans une fente de la paroi de la grotte. Lorsqu'il insère la clé, le mur lui inculque la langue de la grotte. Le Dr Walden découvre la clé et il utilise lui-même, mais la surcharge d'information le met dans le coma, Clark le trouve et l'amène à l'hôpital et en profite pour récupérer la clé . A la maison, la vision thermique de Clark l'oblige à graver un symbole sur la porte de la grange.
Ce dernier évènement attire l'attention d'un certain Virgil Swann. Clark par à sa rencontre, Swann lui raconte alors qu'il a capté un message venu de l'espace il y a 13 ans pendant la pluie de météorites. Ce message, qui vient des parents de Clark, annonce l'arrivée de leur fils Kal-El sur Terre venu tout droit de la planète Krypton. Swann montre à Clark que la planète Krypton a disparu et qu'il doit être le dernier représentant de sa planète. Clark rentre chez lui et comprend où va la pièce manquante de son vaisseau. Après l'avoir insérer il trouve un message de son père biologique qui lui révèle qu'il a été envoyé pour dominer l'humanité...
Episode 18 : Le visiteur
Un camarade de classe à l'école, Cyrus, affiche des capacités spéciales : il semble avoir une vision thermique comme Clark et il montre son pouvoir de guérison en sauvant un cheval. Clark découvre que Cyrus croit être un extraterrestre qui serait arrivé pendant la pluie de météorites. Clark commence alors a croire que le Dr Swann s'est trompé en lui disant qu'il était le seul kryptonien à être arrivé sur Terre. Il aide alors Cyrus à retourner là d'où il vient. Chloé fait des recherches sur lui et découvre la vérité : ses parents ont été tués pendant la pluie de météorites et la Kryptonite lui donner son pouvoir de guérison. Clark comprend alors que Cyrus s'est fabriqué son origine extra-terrestre en voyant le vaisseau de Clark pendant la pluie de météorites.
Episode 19 : Chevalier servant
Après que Lana a été agressée par un étudiant, Andy Conners, Clark perd le contrôle et le blesse. Le nouveau shérif de la ville le condamne alors à des heures de travaux forcés. Mais Andy poursuit les Kent en justice, Clark commence à remettre en question ses compétences. De son côté Lana apprend à se défendre elle-même grâce à Lex. Pendant ce temps Helen reçoit la visite de Paul son ex-petit ami en fac de médecine, mais Lex soupçonne quelque chose.
Clark découvre par la suite que Andy simule, il essaie alors de prouver qu'Andy n'est pas réellement blessé. Paul séquestre Helen dans le sous-sol de l'hôpital est al blesse grièvement, Lex le poursuit alors en quête de vengeance mais se retient à la dernière minute, la police arrive alors pour arrêter Paul. Lana demande à Andy de discuter avec elle dans son bar, il essaie de nouveau de l'agresser mais elle se défend et l’envoie au tapis, il retire alors sa plainte sur la famille Kent. A la fin de l'épisode Lex demande Helen en mariage.
Episode 20 : A force égale
Un groupe de voleurs s'empare d'un van de LuthorCorp et vole une cargaison de briques raffinées de météorites vertes. Clark tombe sur le vol mais ne peut rien contre les malfaiteurs. De son côté Lex enquête sur le contenu du van car il soupçonne son père de recommencer ses expériences à Smallville. Clark s’intéresse à un membre de l'équipe de baseball qui affiche des capacités impressionnantes depuis son accident dans un labo de chimie. Clark le suis jusqu'à une fonderie où le groupe de malfaiteurs fabrique de la kryptonite liquide et l'inhale, ce qui leur donne une force surhumaine. Ils arrivent alors à maitriser Clark et l'enferment dans le four.
Celui-ci en ressort indemne et passe un coup de fil anonyme pour piéger le joueur de baseball. Il est rapidement inculpé et envoyé en prison mais il n'y reste pas longtemps car Lex le libère pour contrer les plans de son père. Le groupe se venge alors en saccageant la ferme des Kent. Clark conseille à ses parents de rester un moment à Metropolis, grâce à ses autre pouvoirs Clark parvient à maitriser le groupe et vole la kryptonite puis l'enterre avec l'aide de Pete. Entre temps, le journal du lycée est vandalisé. Lionel offre alors de financer la Torche et propose un poste au Daily Planet à Chloé.
Episode 21 : Accélération
Lana pense qu'elle voit des fantômes, quand une vieille amie d'enfance morte six ans plus tôt, Emily Eve Dinsmore, apparaît. Clark découvre que l'enfant est bien réelle. En se déplaçant très rapidement, la jeune fille semble disparaître et traverser les murs. En fouillant son ancienne maison, Clark et Lana découvrent que le père d'Emily l'a clonée grâce aux météorites vertes dans le cadre des recherches de LuthorCorp. Cependant, le clone d'Emily est défaillant, elle n'a aucun sens moral et met finalement Lana en danger. Elle manque de faire noyer Lana là où elle même s'était tuée, mais Clark arrive à temps pour sauver Lana de la noyade. Pendant ce temps, Lex se prépare pour son mariage avec Hélène. Finalement Lionel Luthor parvient à capturer la petite et décide de la séparer de son père.
Episode 22 : Le grand jour approche
Dr Walden se réveille de son coma et s'enfuit en projetant un puissant rayon avec sa main. Clark passe une soirée romantique avec Lana pour son anniversaire, mais Lana devient soudainement distante quand Chloé découvre qu'ils sont ensembles. Walden se rend dans les grottes et modifie certaines écritures, il reprend alors conscience et découvre qu'il peut lire le krypton. Il part alors dire à Lex et Lionel que Clark est un extra-terrestre arrivé sur Terre pour dominer le monde.
Walden décide alors de tuer Clark grâce à son nouveau pouvoir.Lors d'une répétition du mariage de Lex et Helen, Clark entend la clé qu'il l'appelle. Il se rend alors à la ferme où il tombe nez à nez avec le docteur Walden, celui-ci tente de le tuer mais meurt dans une explosion. Lana rend visite à Clark pour s'excuser d'avoir eu peur et décide de tout faire pour leur amour. Lionel propose à Chloé d'enquête sur Clark en échange d'un stage au Daily Planet. Le soir même Clark entend une voix étrange qui l'appelle dans la cave de la ferme et lui dit que l'heure est venue.
Episode 23 : L'exil
La volonté du père biologique de Clark, Jor-El, l'informe qu'il doit quitter Smallville et ses proches. Clark refuse et annonce qu'il veut rester à Smallville avec ses proches, il rencontre Lionel Luthor dans les grottes celui-ci lui montre alors qu'il a créée une clé fabriquée avec de la kryptonite pour remplacer l'originale. De son côté Lex prépare son mariage car Helen a décidé de revenir vers lui.
Le vaisseau diriger par la volonté de Jor-El grave un symbole sur le torse de Clark et lui dit qui lui fera quitter Smallville par la force s'il le faut. Ne voulant pas laisser sa famille et ses amis, Clark vole à Lionel la copie de la clé du vaisseau spatial et la met dans le vaisseau spatial. Celui-ci est détruit mais le souffle de l'explosion provoque un accident de voiture à ses parents dans lequel Martha perd son bébé. Accablé de chagrin, Clark décide de quitter Smallville et enfile une bague de kryptonite rouge et par en moto pour Metropolis après avoir fait ses adieux à Lana. Chloé décide d'accepter l'offre de Lionel Luthor concernant son enquête sur Clark. Au cours de sa lune de miel, Lex se réveille, seul, dans l'avion en chute libre, Helen et le pilote ont disparu.
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